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在质子治疗、重离子治疗、灭菌、医疗器械和药物生产中，均有真空技术的应用。如医用加速器是生物医学上一种用来对肿瘤进行放射治疗的粒子加速器装置，通过在真空环境下对带电粒子加速到极高能量的粒子束，对肿瘤进行精准治疗，目前有质子治疗和重离子治疗。辐照加速器则是利用真空环境下产生的高能电子束对医疗保健产品、药品、生物制品、食品、农副产品和化工产品等进行消毒、灭菌、保鲜等。生物假体的3D打印需要真空电子束烧结技术，在低温下进行的真空冷冻干燥技术能保持蛋白质、微生物的活性，医药行业中真空包装、真空提纯均用到了真空技术。